Dopo la diagnosi di condilomatosi è necessario discutere con il medico sulla migliore strategia da adottare per il trattamento.

La storia naturale della condilomatosi, quindi in assenza di qualsiasi terapia, prevede sia la risoluzione spontanea che la stabilità clinica oppure la progressione delle lesioni, con incremento delle dimensioni o del numero dei condilomi.

La scelta terapeutica si basa sulle dimensioni e sul numero delle lesioni nonché sulla preferenza del paziente. Ad esempio, si potrebbe decidere l’osservazione clinica se le lesioni sono poche e di dimensioni minime.

Occorre ricordare che il trattamento della condilomatosi porta all’eliminazione delle lesioni MA NON all'eradicazione virale. L’infezione si localizza ad aree contigue alle lesioni, non identificabili all’esame ispettivo. 
Questo concetto è rilevante ai fini della contagiosità, che non viene abolita dal trattamento, e del rischio di recidive, presente al termine del trattamento, indipendentemente dalla strategia terapeutica adottata. 

Infatti, al termine di un trattamento per condilomatosi vanno osservate comunque tutte le precauzioni per evitare il contagio del partner e vanno programmate le visite di controllo per individuare eventuali recidive